Sirvió en las Guerras Napoleónicas, incluyendo su actuación como lugarteniente del capitán Samuel Pym en el desastroso ataque a las islas Mauricio en agosto de 1810.
Visitó en 1816 a Napoleón durante su exilio en la isla de Santa Helena, permaneciendo durante los tres años siguientes en misiones entre la Colonia del Cabo y la isla de Santa Helena.
Se estableció primero en Easter Duddingston, Midlothian y más tarde en Moorhouse Hall, en Cumberland.
Wauchope aceptó, pero con la condición de que no se permitiera ninguna prostituta a bordo del barco.
En aquel año publicó un panfleto anti-Darwiniano, titulado "Proofs of the Possible Cause and Recent Date of the Boulder Drift, Connecting it with the Post Tertiary Period and Noachian Deluge," (Pruebas de la Causa Posible y Fecha Reciente de la Inundación Universal, Conectándolo con el Periodo Post Terciario y el Diluvio de Noé), y escribió sus memorias, "A Short Narrative" (Una Narración Breve), para la instrucción de su sobrino mayor, Andrew Gilbert Wauchope.
Está enterrado en Dacre Churchyard, Penrith, Cumbria, Inglaterra, bajo una inusual tumba triangular con sección en cruz.