En 1612 se fue a estudiar al colegio Toxteth Park, Liverpool.

En 1618 pasó varios meses estudiando en el Brasenose College de Oxford, y finalmente volvió al Toxteth donde fue ordenado diácono, probablemente a comienzos de 1619.

Mather tenía una gran reputación como orador en Liverpool y alrededores, y se le recomendó unirse a la compañía de peregrinos que embarcaría en Bristol en mayo de 1635 rumbo a Nueva Inglaterra.

El 3 de junio de dicho año, junto con su mujer y sus tres hijos, partieron en dirección al Nuevo Mundo en el barco llamado James.

[1]​ Mather fue el líder del congregacionalismo de Nueva Inglaterra, cuya política defendió y describió en el tratado Church Government and Church Covenant Discussed, in an Answer of the Elders of the Severall Churches of New England to Two and Thirty Questions (Treinta y dos respuestas sobre el gobierno y contrato de la Iglesia a los mayores de las iglesias de Nueva Inglaterra) (escrito en 1639 y publicado en 1643).