Tras completar el postgrado, se unió a su padre como pastor asistente en la North Church de Boston y en 1685 fue nombrado reverendo.

Según el historiador Sacvan Bercovitch: "(...)Explícita o implícitamente, se proyecta por todas partes en sus escritos (...) utilizando la literatura como medio de reparación personal.

Su contemporáneo y opositor, Robert Calef, consideró que su libro sentaba las bases para esos hechos posteriores.

[9]​ Cotton Matther, que se reunió y carteó con algunos de los funcionarios judiciales implicados, aseguró no haber asistido a los juicios, aunque su padre asistió al juicio del reverendo George Burroughs, pero Robert Calef y Thomas Brattle lo sitúan durante la ejecución del reverendo.

En el libro que escribió en defensa de los procesos, Matther se considera imparcial, pero presupone la culpabilidad de los acusados e incluye comentarios tales como llamar a Martha Carrier "reina del infierno" o describir a George Burroughs, con quien había mantenido disputas doctrinales, como "un hombre muy insignificante", cuyas "tergiversaciones, contradicciones y falsedades" no merecían ni valorar su testimonio.

[10]​ Matther influyó en permitirse como prueba la "evidencia espectral": las afligidas aseguraban ser atormentadas por los acusados en forma invisible para todos menos para ellas; también al insinuar que los servidores del diablo podían simular perfecta inocencia y piedad.

La única medida de prevención era poner en cuarentena a los enfermos y barcos que llegaban al puerto.

Fascinado, Matther leyó todo lo que pudo sobre el tema y presionó a las autoridades para implantarla en Nueva Inglaterra.

Boylston viajó a Londres en 1725, donde publicó sus resultados y fue elegido miembro de la Royal Society, al igual que Cotton Matther dos años después.