Para los grandes comerciantes que apoyaban desde el ayuntamiento la independencia de Oaxaca, la causa era por razones económicas, ya que el gobierno imperial había solicitado 200,000 mil pesos para poder sostenerse.
Durante la Junta de guerra en Oaxaca participaron 72 personas, de las cuales pocas eran del Ejército y milicias, predominando los partidarios del general Antonio de León.
Por lo mismo, el gobierno provisional resolvió recurrir a la fuerza militar para sofocar el levantamiento como se hizo con la Rebelión de Guadalajara, lográndose luego de su toma la calma.
Antonio de León el 1 de junio proclamó su lealtad a la nueva República Federal y la insurrección acabó.
La independencia significaría el regreso a la poderosa posición que ostentaban antes de que altos funcionarios de la Corona llegasen a controlar la provincia oaxaqueña.