Desde 1998 se están llevando a cabo una serie de excavaciones y estudios arqueológicos que han ido dejando al descubierto las distintas capas y estancias correspondientes a cada época.La construcción del Alcázar de Guadalajara se realiza a lo largo del siglo IX en plena batalla en época emiral entre los clanes bereberes Banu Salim y los muladíes Banu Qasi.Hacia el 862 el ejército de Musa ibn Musa sitia Guadalajara y asalta el Alcázar, donde se alojaba su yerno Izraq ibn Muntil, por hacerse con el control de la ciudad.Musa cae herido en la batalla y muere en su posterior llegada a Tudela.Este último manda edificar en su interior una iglesia dedicada a San Ildefonso y la dota de "grandes posesiones e instituyendo capitanías".[6] Así, el Alcázar Real comienza a caer en desuso y los posteriores duques del Infantado empiezan a utilizar sus dependencias como almacenes y, en lo poco que quedaba en pie, como sede concejil.Para acometer las mejoras precisas que adaptasen el viejo palacio en fábrica se decide utilizar materiales procedentes de los restos del Alcázar.Durante la última guerra civil las tropas rebeldes se acuartelan en el cuartel de San Carlos.Se volvió a usar la argamasa de cal reforzada con el ladrillo para mantener la estructura del palacio.Se sitúa el oeste del recinto del Alcázar Real y permitía acceso directo al arrabal de Cacharrerías, zona de entrada a Guadalajara desde el oeste.Estuvo adornada con una fachada ornamental de ladrillo presidida por arcos túmidos al estilo mudéjar.Estaba precedido por alhanías y abierto al patio central a través de una galería comunicante que lo rodeaba.Fueron construidas con el Alcázar original en el siglo IX junto al muro noreste y tienen una planta rectangular que constituyen un gran salón central flanqueado por dos alhanías.El patio estaba rodeado por un claustro porticado compuesto por pilares octogonales con filigrana de yeserías.Se levantaba en el muro sureste del palacio comunicándolo directamente con la ciudad.En 1860 las dependencias del cuartel de San Carlos que ocupaban el antiguo edificio de la fábrica fueron ampliadas con un nuevo pabellón más moderno y adecuado a las circunstancias que el anterior.En 1996 se decidió llevar a cabo un estudio arqueológico del alcázar ante la posibilidad de construir en sus terrenos un teatro.Los primeros estudios recomendaron no edificar encima de esos terrenos por la posibilidad, que luego se tornó en realidad, de que existiesen importantes restos del pasado.[12] Durante la primera campaña se realizó una limpieza general de los restos con el fin de dejar preparados los terrenos para la siguiente campaña y se intervino puntualmente para conocer la distribución del palacio mudéjar.