Al poco tiempo, el artista regresó a Bolonia, su ciudad natal, donde también se encontraba el cardenal Bernardino Spada en calidad de legado papal.

Esta circunstancia hizo posible que el cardenal siguiera personalmente la realización del lienzo, una operación de particular interés, sobre todo teniendo en cuenta el rango del comisionado, que tenía importantes implicaciones políticas para la corte papal.

Algunos historiadores del arte especulan que -en el contexto de la Guerra de los Treinta Años- el papa Urbano VIII, notoriamente pro francés, aprovechó la ocasión del lienzo para enviar mensajes a su archienemigo español.

Una vez terminada la obra, los emisarios españoles discreparon sobre su pago y el cuadro quedó sin vender: el cardenal Spada aprovechó la ocasión de esta disputa y sugirió a María de Médicis que comprara el lienzo.

Cuando el Rapto de Helena llegó a territorio francés, no pudo ser adquirido por la reina María, que entretanto ya no desempeñaba ningún papel de importancia política, por lo que fue adquirido en 1654 (o antes) por el marqués Louis Phélypeaux de La Vrillière, quien lo colocó en su galería parisina, que ya no existe, y encargó un pendiente a Pietro da Cortona, titulado César devuelve a Cleopatra al trono de Egipto.