Su influencia en pro de los instrumentos originales y contra los clavecines construidos con estructuras pianísticas es decisivo.

[3]​[4]​ Al momento de su muerte numerosas publicaciones alrededor del mundo le rindieron homenaje, como el diario El Tiempo[5]​ y la British Harpsichord Society.

Solistas como Yehudi Menuhin, Leopold Stokowski y Andrés Segovia eran sus colegas en la música de cámara.

[2]​ Sus padres eran Ernesto Puyana Uscátegui, y Alicia Michelsen Mantilla, de ascendencia judía asquenazí alemán.

[12]​ Su padre era primo del empresario cervecero Eduardo Puyana Rodríguez[13]​[14]​,[15]​ quien casado con Alicia Bickenbach Plata fue el padre de la periodista Nohra Puyana Bickenbach, lo que convierte a Rafael en primo segundo de Nohra.

La madre de Rafael era prima de María Michelsen Lombana (sobrina del político José María Lombana[16]​[17]​), la primera esposa del político y empresario Alfonso López Pumarejo (presidente de Colombia en dos ocasiones), quien fue padre del también expresidente Alfonso López Michelsen; lo anterior convierte a López Michelsen y a Puyana en primos terceros.