No obstante, Rafael Olvera escapó del acto mientras que Martínez no eliminó toda la fuerza militar de los imperialistas, pues aún no caía la Ciudad de México ni el general Olvera en la Sierra Gorda, manteniéndose como el único ya que podía dar dolores de cabeza al gobierno republicano.
En 1862 Tomás Mejía y Rafael Olvera se encontraban amagados en la Sierra Gorda, como consecuencia del fin de la Guerra de Reforma, mientras que Benito Juárez promulgaba la ley del 25 de enero que condenaba a muerte a todos aquellos que prestasen servicio a las fuerzas invasoras; en octubre, Mejía tomó las armas en favor del Partido Conservador y el Imperio, al tiempo que Olvera escribía al gobernador de San Luis Potosí, Sóstenes Escandón, para ofrecerle 2000 hombres de caballería e infantería para atraerlo a la causa; Escandón rechazó la oferta.
Poco después Olvera y Mejía, junto con 800 hombres, partieron hacia San Luis Potosí para retomar la plaza capturada por los republicanos.
[7] Con la partida de las tropas francesas, en diciembre de 1866 Tomás Mejía se convirtió en comandante del Tercer Cuerpo del Ejército Imperial, con jurisdicción en Coahuila, Nuevo León, Tamaulipas, San Luis Potosí, Aguascalientes y Zacatecas; pero acorralado por Escobedo, Mejía abandonó San Luis y se retiró a Querétaro, mientras que Olvera se atrincheraba en la Sierra.
Querétaro se convirtió en el último reducto conservador en recibir al Emperador y a sus tropas; Mejía llegó el 25 de enero, Miramón la primera semana de febrero, Maximiliano, Leonardo Márquez, Santiago Vidaurri y el parte del gabinete imperial llegaron el 19 del mismo mes.