Gobernó durante el más dilatado período de tiempo, optando por mejorar la administración mediante una política reformista.
En septiembre de este mismo año facultó a los alcaldes mayores para nombrar maestros y crear nuevas escuelas.
En 1797 la flota de Álava persigue a un convoy inglés.
Aguilar sufre la pérdida del navío San Andrés en las costas de Albay.
En 1798 una escuadra inglesa fue rechazada en Zamboanga, salvando la plaza su gobernador Raymundo Español.
Aguilar inicia las vacunaciones con sus hijos que continúan en Manilas e islas adyacentes.