Al hallarse su padre en Aguilar por trabajo (había construido un pequeño molino de chocolate en 1881) nació Rafael en esta villa.

La intención inicial del padre de Rafael era producir las llamadas "galletas finas", destinadas a las clases más pudientes, pero ese mercado se hallaba dominado por Artiach, fundada en 1907 en Bilbao.

En los años 20, la empresa arrastraba un crecimiento llevado a cabo, entre otras razones, por la falta de alimentos durante la Primera Guerra Mundial, que había incrementado la demanda por un producto barato como eran las galletas maría.

Pudo por esto Rafael Fontaneda trasladar su fábrica a donde estuvo hasta su demolición en 2014,[8]​ instalando además un horno eléctrico, algo muy novedoso en la época.

[10]​ Pocos años más tarde, Fontaneda entró en quiebra pero fue salvada durante un tiempo por la tercera generación de la familia.

[12]​ En ella se lee la inscripción: Estuvo casado con Manuela Pérez de Pomar, nacida en San Fernando y originaria del pequeño pueblo de Ruiloba,[14]​[15]​ con la que tuvo ocho hijos (Rafael, Manuel, María José, Eugenio, José Luis, Ángel, Carlos y María del Carmen).