Rafał Augustyniak jugó en las categorías inferiores de los dos principales clubes de su localidad natal: el MKS MOS Zduńska Wola y el Pogoń Zduńska Wola.
[2] Además de jugar con el plantel principal del Widzew, el centrocampista polaco también jugó varios partidos con el filial en la III Liga, anotando su primer gol el 26 de abril de 2014 ante el Pogoń Grodzisk Mazowiecki.
[4] El resto de la temporada se unió al segundo equipo de la III Liga de Polonia, cuarta categoría del fútbol polaco, y en los siguientes tres años jugó como cedido en el Pogoń Siedlce, el Wigry Suwałki y el Miedź Legnica, todos ellos equipos militantes en la segunda división.
En total, registró únicamente cinco partidos con el Jagiellonia en la Ekstraklasa.
Tras colaborar en el ascenso del Miedź Legnica a la primera división, Augustyniak fichó por el club silesio.