Un informe de la Dirección General de Aguas constata que "es de conocimiento que este cauce se genera en su totalidad por afloramientos desde el acuífero de Calama, lo cual fue observado durante la visita inicial a la cuenca del río Loa.
"[1]: 3–43 Después de un recorrido de 25 kilómetros, el San Salvador se une con la quebrada Opache en los llamados "Ojos de Opache", donde surgen dos vertientes asociadas con la formación de antiguas calizas compactas.
El caudal del río aumenta en forma importante, por lo que esta zona es considerada como el verdadero nacimiento del río.
En esta zona existió en el pasado una pequeña central hidroeléctrica.
El río San Salvador recorre sus 56 kilómetros de forma paralela al río Loa, el principal cauce del Norte Grande chileno, hasta depositar sus aguas en este último en la localidad de Chacance.