Los afluentes del río San Joaquín incluyen a los ríos Stanislaus, Tuolumne, Merced, Calaveras y Mokelumne.La bifurcación Norte comienza en un lago en 37°43′33″N 119°14′37″O / 37.72583, -119.24361 que está a 3.410 m de altitud y se une a la bifurcación Media al este de Junction Butte en 37°31′56″N 119°10′55″O / 37.53222, -119.18194.La confluencia pasa por un estrecho valle del cual John Muir dijo una vez: "Seguramente el cañón del Joaquín es, desde muchos puntos de vista, el más notable de todos en los que he entrado."Estos canales fueron diseñados inicialmente para proporcionar protección adicional contra inundaciones para los terratenientes locales.Estos pantanos estacionales se convirtieron en el hábitat de las aves migratorias del Pacific Flyway, importante ruta de viaje norte-sur que se extiende desde Alaska hasta la Patagonia.Históricamente, el hábitat natal del zorro kit de San Joaquín (en peligro de extinción) y del conejo matorralero ribereño (sylvilagus bachmani), incluía la zona ribereña cercana al río San Joaquín.
Lago Millerton, formado por la presa Friant, a unos 20 km al norte de la ciudad de Fresno.
