Los principales afluentes del río Sacramento son los ríos Pit, Plumas, McCloud y Americano.

Sin embargo la alimentación del lago Siskiyou desde el oeste son los ríos Sacramento Norte, Medio y Sur que llevan agua desde elevaciones mucho mayores, incluyendo el lago Castle (1.660 m de elevación).

Desde allí el curso del río discurre generalmente hacia el sur, siguiendo la autopista Interestatal 5.

Los afluentes Pit y McCloud se unen al Sacramento en el lago Shasta.

Después de la presa Shasta, el río Sacramento sigue discurriendo hacia el sur, pasando Redding y recogiendo muchas pequeñas corrientes.

En la actualidad la autopista interestatal 5 y la Union Pacific ocupan la ruta del antiguo Siskiyou Trail.

La pareja, que se cree que eran la madre y su cría ("Delta", la madre y "Dawn", su cría),[8]​ continuaron nadando río arriba hasta el profundo canal para buques cerca del oeste de Sacramento, aproximadamente 140 km hacia el interior.

Las ballenas fueron inspeccionadas con cuidado por biólogos e inyectadas con antibióticos para ayudar a prevenir una posible infección.