Río San Francisco es un río ecuatoriano, se ubica en la parte central del país, en Gualaceo a 300 km al sur de Quito, capital del país.
El río nace en la laguna de Maylas a una altitud de 3391 msnm, al oriente del cantón en la parroquia Luis Cordero Vega, en el sector de San Francisco Alto.
[1] La microcuenca de este río tiene un área de 80,98 km2 y está conformada por 16 quebrada: Achupallas, Asmayacu, Calvario, Chaucán, Chorro blanco, Churcus, Ishcaypungo, Leones, Osera, Padre Rumi, Palmas, Pillucay, Priricaca, Shurar, Tasqui, Uchucay.
Las plantaciones que aún se mantienen aledañas a este río se sirven de él para el riego y abrevadero de animales.
Las captaciones de agua tanto para la ciudad de Gualaceo y el Sistema de Agua del San Francisco, conocido también como "agua vieja", se encuentran en la parte alta del río, el agua se almacena en los tanques ubicados en el sector de Capzha.