Se considera la fuente de más altitud del río Nilo y drena el lago Mutanda, localizado en las estribaciones de las montañas Virunga, en Uganda, y fluye en dirección norte hasta entrar en el lago Rutanzige (antes lago Edward).
La parte oriental de este pantano desemboca en el curso superior del río Ishasha mientras que los desagües de la parte occidental van al lago Mutanda, a una altitud de 1800 m. El lago Mutanda descarga desde su esquina suroeste a través del río Kako y el pantano Tshengere en el Rutshuru.
[3] En su curso más bajo el río atraviesa la sección central del Parque nacional Virunga.
[4] Los ríos Rutshuru, Rwindi e Ishasha forman pantanos y pastizales al sur del lago Rutanzige.
[7] Se ha debatido sobre la posibilidad de represar el río, lo que tendría graves repercusiones en los humedales ribereños localizados aguas abajo.