El lago Eduardo es alimentado por los ríos Nyamugasani, Ishasha, Rutshuru, y Rwindi.
La desembocadura natural se encuentra en su extremo norte, desde donde desciende el río Semliki en dirección al lago Alberto.
Cuenta también con otra vía de desagüe por medio del canal Kazinga, que dirige parte de las aguas hacia el lago George (Lake George), en dirección noreste.
El lago fue descubierto para el mundo occidental por el explorador Henry Morton Stanley en 1888, fue bautizado como lago Eduardo en honor al entonces príncipe de Gales y posterior monarca británico Eduardo VII del Reino Unido.
Durante la dictadura de Idi Amin en Uganda, el lago fue renombrado como Lago Idi Amin, aunque después de su posterior caída del poder recuperó su nombre original.