El lago Mutanda se encuentra al sudoeste de Uganda, 10 km al sur del pueblo de Kisoro, a unos 454 km por carretera al sudoeste de Kampala.

Por el nordeste, recibe las aguas del lago Bunyonyi.

Drena por el sudoeste en el río Rutshuru, que al salir del lago se llama Kako, forma una gran ese, entra en la RDC, pasa el pantano de Tshengere y desemboca en el lago Eduardo como una de las fuentes más altas del Nilo.

Entre las aves destacan martines pescadores, milanos, ibis y el ave nacional de Uganda, la grulla coronada cuelligrís.

Entre los mamíferos figura la nutria de mejillas blancas.