El origen del nombre lo tiene en que los conquistadores españoles de Cumaná decidieron darle el nombre del río que atraviesa Madrid, la capital de España.

También es posible que el nombre de Manzanares no se haya derivado del río madrileño, sino de alguna población o lugar con dicho nombre, ya que el topónimo Manzanares es bastante frecuente en los países hispanoamericanos: se repite cuatro veces en provincias españolas de Madrid, Ciudad Real, Logroño y Soria y tres veces en Colombia, Perú y Argentina, mientras que el nombre de Manzanares como río, además del nombre venezolano, se repite en dos ríos españoles de Soria y Madrid.

En un intento por devolver la navegabilidad al río, el gobierno regional efectuó un dragado en 1986 hasta lo que hoy se conoce como Parque Ayacucho.

Además construyó muros de contención en ambas riberas del río desde el Puente Gómez Rubio hasta el Parque Santa Catalina, lo que brindó una mejora visual muy importante.

También se reubicaron a los moradores ilegales que vivían en la ribera, muchos de los cuales regresaron al sitio tras el terremoto del 1997.