Conforme a SUDENE, la Superintendencia de Desarrollo del Nordeste (Superintendência de Desenvolvimento do Nordeste), el río Itapecuru se puede caracterizar físicamente en 3 regiones: alto, medio y bajo.
Entre los principales factores que determinan esa caracterización se pueden mencionar: la red de drenaje, el relieve y la navegabilidad.
Tras pasar por la pequeña localidad de Roçado, el río vira hacia el noreste, alcanzando Mirador (20 434 hab.
), donde se le une, por la izquierda, su principal aflfuente, el río Alpercatas y finaliza el tramo alto.
Es una región de difícil navagabilidad, siendo posible sólo en pequeñas canoas hasta el río Alpercatas, en Colinas.
El tramo medio está comprendido entre las ciudades de Colinas y Caxias (155 202 hab.
Se extiende desde Caxias hasta la boca en el estuario, situada en la bahía de São José.