En su primer tramo en dirección al oeste, corre paralelo a la ruta T-189 y recibe las aguas del estero Nalalguaco y el estero Las Quilas, a partir de este punto se desvía al suroeste y cerca del caserío de Santa Carla su curso retoma nuevamente en dirección oeste, sirviendo además como frontera norte a la comuna de Los Lagos.

La subcuenca del río Cruces y sus afluentes tiene un marcado régimen pluvial, ya que sus crecidas ocurren durante el período de lluvias invernales, y los menores escurrimientos durante el período estival.

En años lluviosos los mayores caudales ocurren entre junio y agosto, resultado las lluvias de invierno.

El período de menores caudales se observa en el trimestre dado por los meses entre enero y marzo.

[1]​: 51 El caudal del río (en un lugar fijo) varía en el tiempo, por lo que existen varias formas de representarlo.