A partir de este punto gira en dirección noroeste adentrándose en la campiña cordobesa para recibir por la margen izquierda las aguas del río Marbella y del río Guadalmoral siguiendo su curso hasta su desembocadura en el Guadalquivir a la altura el término municipal de Córdoba, exactamente en la intersección de la autovía Madrid-Sevilla con la antigua carretera N-IV.

En la siguiente tabla se intenta identificar a los afluentes primarios y secundarios de mayor longitud.

[4]​ Hasta la última década del siglo XX el Guadajoz no ha estado regulado por presas, y en su bio-fauna, aún no se encuentran presentes especies especies alóctonas, aunque con la construcción del embalse de Vadomojón se introdujeron en el mismo peces como la carpa y el black bass.

Pero aún no se han dispersado por lo que, a fecha de hoy, en el cauce de dicho río siguen siendo sus especies predominantes la boga y sobre todo el barbo gitano.

Se han sacado, de forma esporádica, anguilas, y el galápago autóctono todavía está presente en todo el cauce.