Nace como un brazo del río San Juan, desprendiéndose de este y formando un arco hacia el sureste, dividiéndose luego en dos ramas: el río Colorado propiamente dicho, y el río Caño Bravo, que separan las islas fluviales de Brava y Calero.

Junto con su más importante afluente, el río Chirripó Norte, el río Colorado forma el sistema Colorado-Chirripó, de 96 km de extensión.

Un canal artificial comunica el Colorado con el río Tortuguero, lo que permite la navegación entre el río Colorado y el puerto de Moín, en Limón.

La cuenca del río Colorado se halla protegida por el Refugio Nacional de Fauna Silvestre Barra del Colorado, el más grande del país en lo referente a la protección estricta de flora y fauna.

El río también es un destino turístico apetecido, no solo por la presencia del refugio de fauna silvestre, sino porque en sus aguas se pueden realizar actividades de pesca deportiva.