Su cuenca superior está completamente en Chile, pero se ubica entre dos afluentes del argentino río Senguerr: el río Genoa por el norte y el Senguerr mismo (lagos La Plata y Fontana) por el sur.

Siguiendo su curso hacia el oeste recibe por el sur el estero Solís, emisario del lago homónimo.

El río recorre un total de 160 km y drena un área de 5196 km² (Niemeyer 5512 km²), entre múltiples accidentes: gargantas, saltos, rápidos y rocas caídas hasta desembocar en el canal Puyuhuapi, frente a la isla Magdalena (Aysén).

Hans Niemeyer escribe sobre su fuerza:[1]​: 524 El caudal del río (en un lugar fijo) varía en el tiempo, por lo que existen varias formas de representarlo.

Esto quiere decir que ese mes se han medido igual cantidad de caudales mayores que caudales menores a esa cantidad.

El jesuita José García Alsué había explorado la zona costera en 1766 y 1767.

En 1873, Simpson cartografió la costa de la región y envió una expedición aguas arriba del río Aysén que presumiblemente llegó hasta el meridiano 72° 30' W.[3]​: 78 Entre diciembre de 1897 y junio de 1898, Hans Steffen se internó desde la desembocadura del río Cisnes hacia el oriente explorando la zona hasta llegar a las pampas del Senguer.