En la quebrada Pan de Azúcar confluyen la quebrada Doña Inés Chica, la cual nace en la cordillera de Domeyko por la confluencia de otros cauces de menor importancia,[2]: 27 la quebrada del Juncal y la quebrada del Carrizalillo.
Las precipitaciones en la zona son notablemente escasas.
[4]: 15 Las bajas precipitaciones impiden la formación de cauces superficiales continuos.
Algunas de las cuencas del desierto se prestan para llevar las aguas del invierno boliviano, que ocurre en el verano austral.
Otra fuente de humedad y hasta cierto punto líquido es la captación en la vegetación de las neblinas, localmente llamadas camanchaca, provenientes del mar.