Se subdivide en 2 subcuencas y 7 subsubcuencas con un total de 6627 km².
El informe Informe técnico sistema territorial cuencas hidrográficas, Región de Atacama lo señala en el mapa de la página 12, pero en la página 19 ya lo incluye en la cuenca del río Salado.
El ítem 031 limita al norte con las cuencas costeras entre quebrada La Negra y quebrada Pan de Azúcar, al sur con la cuenca del río Salado (Chañaral) y al oriente con las cuencas endorreicas entre frontera y vertiente del Pacífico de las que están separadas por la cordillera de Domeyko.
La subdivisión del BNA es como sigue:[2] La disposición de cuencas en el inventario DARH es la siguiente:[3] Los cauces considerados en esta categoría son: En la caleta Pan de Azúcar (26.141854918827544 S, 70.66168054516356 W) funciona una pequeña planta desaladora que suministra 8000 litros por día y es energizada con energía solar.
El Atlas agroclimático de Chile distingue 10 distritos agroclimáticos en la cuenca: Las áreas bajo protección oficial pertenecientes al Sistema Nacional de Áreas Silvestres Protegidas por el Estado (SNASPE) que se emplazan en la cuenca corresponden a: