Nace en la cuchilla El Barcino a 2.160 m s. n. m., en su recorrido de 9,5 km atraviesa Altavista, Belén y Guayabal; para desembocar en la Quebrada Altavista a 1.490 m s. n. m. al costado sur del Cerro Nutibara.
A su paso por Altavista, atraviesa el centro poblado de San José del Manzanillo.
Al entrar en a la comuna de Guayabal es canalizada y se convierte en el principal referente ambiental de la misma.
Esta quebrada corre justo por debajo de la pista de aterrizaje del Aeropuerto Olaya Herrera[2] La cuenca de la quebrada La Guayabala limita con la de las quebradas Altavista al norte, La Jabalcona al sur, Doña María al occidente y el Río Medellín al oriente.
Los afluentes más importantes de la quebrada La Guayabala son las quebradas Potrerito o Catarala, Guayabala Oriental o Campo Amor, La Pabón, Saladito, Caza Diana y los caños Sanín y El Rincón.