Las etapas del método son lisar, unión, lavar y eluir.
[1][2] Concretamente, esto implica la lisis de las células objetivo para liberar los ácidos nucleicos, la unión selectiva del ácido nucleico a una membrana de sílice, el lavado de las partículas e inhibidores que no están unidos a la membrana de sílice, y la elución del ácido nucleico, siendo el resultado final un ácido nucleico purificado en una solución acuosa.
Para la unión, se añade un tampón químico a la muestra lisada junto con etanol o isopropanol.
El último "lavado" suele ser un paso en seco para permitir que el alcohol se evapore, dejando sólo los ácidos nucleicos purificados unidos a la columna.
Por último, la elución es el proceso de añadir una solución acuosa a la columna, permitiendo que el ácido nucleico hidrofílico salga de la columna y vuelva a la solución.