Cuenta una leyenda que el rey godo Wamba vivió en un poblado cercano (Cenay) a Pujerra.
Los restos más antiguos encontrados en la localidad son de hace 1500 años, en el siglo II d. C.. Se trata de unos ladrillos de época tardorromana denominados "brácaris", que contienen inscripciones con simbología cristiana, lo que ha llevado a pensar a algunos historiadores que ya en época romana existiera aquí un asentamiento.
Asimismo, la estructura urbana de Pujerra, formada por calles estrechas y tortuosas, evidencia su origen morisco.
La mayor población que ha tenido Pujerra data del año 1854, cuando su cifra ascendía a unos 675 habitantes.
En el siglo XXI, Pujerra es un pueblo próspero que se sustenta en gran parte gracias a su excelente producción y comercialización de castañas.