Su recorrido por el valle homónimo has sido declarado Zona Especial de Conservación (ZEC).

El paisaje es agreste, con masas forestales de castaños, quejigos, alcornoques, pinos y otras especies.

La mayoría de las surgencias se disponen en el contacto entre las dolomías alpujárrides y los gneises.

La red norte, muy anastomosada y característica de las áreas carbonatadas, contrasta con la concentración existente en la vertiente opuesta desde el río Seco hasta el Arroyo Guadarín, a partir del cual el río Genal se incurva y cambia de dirección E-O por la N-S. Desde este punto la concentración se mantiene en los afluentes de la Sierra Bermeja, con una estructura dendrítica, que se mantiene también en la margen izquierda, aunque en menor grado dada la menor altitud en las cabeceras.

[2]​ La vegetación de ribera tanto en el propio río Genal como en sus arroyos tributarios está formada por olmos (Ulmus minor), álamos blancos (Populus alba), sauces (Salix sp.

), fresnos (Fraxinus angustifolia), además de adelfas, juncos, durillos, tarajes, agracejos, mimbres y etapas de la vegetación relíctica subtropical del terciario con laurel (Laurus nobilis), aliso (Alnus glutinosa), acebo (Ilex aquifolium), quejigos (Quercus broteroi), helechos, etc.

En algunas zonas se ha sustituido la vegetación riparia por cultivos de chopo (Populus nigra var.