Inicialmente se ubicó en el último meandro del río Artibai, cuya ría es navegable hasta Berriatúa.

Como recuerdo de aquellas instalaciones aún se sigue denominado a la zona comprendida entre el llamado "puente Viejo" y "Kanttopi" "el muelle" (es la calle Nasa Kalea) y ambas riberas de la ría están bajo la jurisdicción la autoridad portuaria.

En 1887 se construyen los muros que conformaron el muelle desde el puente viejo hasta Itsasaurre construyéndose viviendas en los terrenos ganados a la ría.

En 1882 el ingeniero Juan Eguidazu presenta el proyecto titulado Proyecto para mejora del puerto y la ría de Ondárroa y plantea realizar el puerto exterior.

También hay amarres en la orilla izquierda de la ría, desde el puente Viejo hasta la entrada al puerto pesquero.

Desde los primeros años del siglo XX la pesca se fue desarrollando rápidamente.

[3]​ El puerto sufrió una importante transformación en los últimos años del siglo XX, se realizaron nuevos accesos directos desde la carretera general, entre estas obras destaca el puente sobre la ría realizado por Santiago Calatrava, se amplió la superficie de agua de la dársena y la longitud de atraque.

La construcción de las nuevas instalaciones se ha realizado sin interrumpir las actividades del puerto e interfiriendo lo menos posible en las mismas.

Una vez realizado se pasarán los servicios de la cofradía a las nuevas instalaciones y se derribará el edificio viejo, manteniendo el de la Capitanía marítima.

La dársena de la derecha dispone de 57 amarres para esloras entre 3 y 5 metros con un calado 1,5 m. En la orilla izquierda, en pantalán corrido, hay 50 amarres para esloras entre 5 y 7 metros con un calado que varía desde los 3m a 1,5 m. En el área cercana al mar, después del Calatrava, puede acoger embarcaciones con esloras hasta 10 metros y calado medio de 3 metros, normalmente veleros.