La entrada al puerto está flanqueada por la Punta Orote al sur y las Spanish Rocks en la punta del rompeolas Glass (éste, construido sobre el Banco Calalan y el Arrecife Luminao, conecta con la Isla Cabras dónde se halla el puerto que maneja más del 90% de la carga civil importada a Guam).
La más septentrional se llama Isla Drydock, cuya punta es una reserva militar con muelles para abastecer de combustible a los barcos.
El puerto ofrecía ricas zonas de pesca y albergaba muchas aldeas chamorras.
Sin embargo, no fue un fondeadero relevante durante las Guerras Hispano-Chamorro de finales del siglo XVII y del período español temprano, principalmente debido a los numerosos arrecifes y cabezas de coral.
El pirata inglés John Eaton ancló en el puerto de Apra en 1685 para comerciar provisiones con los chamorros.
[7] El Fuerte de San Luis se construyó en 1737 cerca de Gab Gab [9] y el Fuerte Santiago se construyó en Punta Orote para proteger la entrada al puerto.
[11] Por medio del Camino Real, el puerto se comunicaba con Agaña y Umatac, principales poblaciones de la isla durante el gobierno español.
[12] El puerto de Apra se utilizó con mayor frecuencia en el siglo XIX.
Piti se convirtió en el puerto principal, utilizado para conectar con la capital, Agaña.
[9] Los tres cañones del Fuerte Santiago fueron declarados inutilizables en 1853 y, en 1884, el gobernador Francisco Oliva y García declaró que el Fuerte Santiago sólo era útil como puesto de observación.
El nuevo gobierno naval estadounidense también impulsó el desarrollo del puerto, en el que para entonces se necesitaban lanchas para navegar por los arrecifes de coral hasta desembarcar en Piti y Sumay.
[3] En 1903, la Commercial Pacific Cable Company tendió un cable de comunicaciones submarino para telégrafos a través de una estación en Sumay, uniendo a los Estados Unidos con Asia y con Guam por primera vez.
[15][16] En 1922, se utilizaron materiales dragados del puerto para rellenar la costa de Sumay y se construyó un malecón, uno de los primeros cambios humanos a gran escala en la costa.
[17] Tanto Piti como Sumay fueron arrasados por el bombardeo previo a la invasión y muy pocas mejoras del puerto sobrevivieron.
El rompeolas Glass, que lleva el nombre del capitán que capturó Guam en 1898, se amplió 993,6 metros hacia el banco Calalan Bank, hasta un ancho de 9,8 metros .
En el puerto interior se construyó una pequeña dársena para barcos y una base de submarinos con un muelle .
[14]: 350 A los residentes de Sumay no se les permitió regresar y reconstruir sus hogares, y el ejército estadounidense los reubicó en un campo de refugiados en las cercanas colinas del interior en 1946.
En 1962, el Departamento del Interior transfirió el puerto comercial al Gobierno de Guam .
[1] En 1969, se fundó un club náutico y comenzó a utilizar el puerto para pequeñas embarcaciones recreativas.
A la deriva, Caribia se estrelló contra la punta del rompeolas Glass +y su popa bloqueó un tercio de la entrada al puerto.
Se partió en tres pedazos y el mal tiempo impidió que la Armada y la Guardia Costera determinaran si su pieza de popa todavía bloqueaba la entrada, cerrando el puerto.
Los detalles de la medida militar están evolucionando y mucho está en suspenso debido al secuestro presupuestario.
[33] Cinco cruceros visitan Guam anualmente, lo que requiere una reconfiguración de las operaciones portuarias.
Aquaworld Marina y Harbour of Refuge son propiedad del puerto, que los opera, alquilándose los amarres.
Sin embargo, ninguno es adecuado para el amarre de embarcaciones grandes durante un tifón, lo que requiere que las embarcaciones se hagan a la mar por seguridad en condiciones climáticas extremas.
[30] Entre las playas portuarias de propiedad naval se encuentran Gab Gab y San Luis, en la Península de Orote, y la isla Fantasy Island en la punta Polaris.
Hay muchos sitios de buceo con nombre dentro o inmediatamente fuera del puerto, entre ellos: arrecife Harley; SMS Cormoran y Tokai Maru.
También incluye cuatro o cinco parches de arrecifes en sus aguas más profundas.