Pero ya en el siglo III a. C. el golfo era usado por los picenos para los intercambios comerciales con los griegos.

Los sarracenos durante su saqueo de la ciudad ocurrido en el siglo IX destruyeron también el puerto.

Entre el siglo XIII y el XIV Ancona se convirtió en el segundo puerto más importante del Adriático, después de Venecia.

En los siglos posteriores, con el descubrimiento de América y el desplazamiento del tráfico marítimo del Mediterráneo al Atlántico, el puerto sufrió un drástico declive hasta que Clemente XII no concede el puerto franco y financia la construcción del lazareto.

Con la llegada de las dos guerras mundiales Ancona y la zona portuaria sufrieron graves daños a causa del bombardeo.