Está situada junto la frontera con Brasil en el denominado Pantanal Boliviano a orillas de la laguna Cáceres, comunicada al río Paraguay por el canal Tamengo.
Sin embargo el principal afluente fluvial fue cortado en el canal Tuyuyú, por lo que actualmente la laguna Cáceres ya no es navegable por embarcaciones mayores.
[4] La ciudad también está conectada al interior mediante la ferrovía interoceánica que llega hasta Santa Cruz, perteneciente a la empresa Ferroviaria Oriental.
Actualmente está en construcción el tramo entre Santa Cruz y Cochabamba para unir la red oriental con la occidental.
Debido a su ubicación en pleno Pantanal boliviano, Puerto Suárez cuenta con un pequeño sector dedicado al turismo, debido a que el Pantanal es considerado el humedal más grande del mundo.