Se encuentra a pie del Camino de Santiago aragonés, que discurre por el propio casco urbano de la localidad.

Puente la Reina de Jaca se encuentra a pie del río Aragón, junto a un puente que lo atraviesa y del que procede el nombre del lugar.

Se encuentra emplazada en un estratégico cruce de comunicaciones, que la comunica hacia el norte camino del Pirineo por el cauce del río Aragón Subordán (el cual desemboca en el río Aragón justo junto a su casco urbano); hacia el este camino de Jaca aguas arriba del río Aragón; hacia el sur, a través del puerto de Santa Bárbara y del cauce del río Asabón, conecta con Ayerbe y Huesca; y hacia el este, siguiendo el curso del río Aragón se encamina hacia Sangüesa y Pamplona.

Aunque se encuentra muy cercana al Pirineo, por su ubicación en el valle del Aragón es un territorio esencialmente llano, sin elevaciones destacadas, aunque en la parte norte de su término municipal ya se producen algunas subidas de nivel.

Históricamente, la economía de Puente la Reina de Jaca ha estado vinculada tanto a la agricultura como a la ganadería.