Prudente de Morais hizo su carrera en el Partido Republicano Paulista (PRP), al cual se afilió en 1870.

Esa cautela de Prudente fue necesaria, ya que los florianistas todavía tenían una cierta fuerza, principalmente en el Ejército.

Al inicio de su gobierno consigue pacificar la Revolución Federalista en Rio Grande do Sul, firmando la paz con los rebeldes, que recibieron amnistía.

Escapó ileso, pero perdió a su Ministro de Guerra, Carlos Machado Bittencourt, quien fue asesinado al defenderlo.

Terminado el mandato, Prudente de Morais se retiró a Piracicaba, donde ejercería la abogacía por algunos años.