Tuvo por cabecera a la ciudad de Nóvita.

[1]​ La provincia comprendía el territorio de las actuales regiones chocoanas del San Juan y Pacífico Sur.

La provincia de San Juan en 1859 limitaba al este y sudoeste con las provincias de Buenaventura, Cali y Tuluá; por el sur y occidente el límite iba desde la boca más oriental del río San Juan por las playas del Pacífico hasta Cabo Corrientes; por el norte la cima de los montes que dividen las aguas de Buenaventura y Atrato hasta el istmo de San Pablo y de allí por las aguas del riachuelo de Raspadura hasta su confluencia con el de Cértegui y este aguas arriba hasta sus cabeceras; y de ellas atravesando por las de Pureto el río San Juan a la cordillera Occidental a tocar con los límites de Tuluá.

[3]​ En 1876 la provincia comprendía los distritos de Nóvita (capital), Baudó, Cuéllar, San Pablo, Noánama, Sipí y Tadó.

[1]​ En 1905 la provincia comprendía los distritos de Istmina (capital), Baudó, Condoto, Cuéllar, Nóvita, Sipí y Tadó.