Bashir comenzó a instituir Sharia y la abolición de los partidos políticos en 1990.
Fue nombrado presidente en 1993, regresó al gobierno civil en Sudán y ganó las elecciones presidenciales en 1996, como el único candidato.
El Norte ha enfrentado en difuculdades los ingresos públicos, asolado por inflación, y con una grave escasez de dólares para pagar las importaciones.
El sur, sin salida al mar, depende del oleoducto del norte y el puerto para exportar su petróleo, pero Jartum y Juba no están de acuerdo sobre la cantidad de Sudán del Sur debe pagar para usar infraestructura.
Sudán ya con los ingresos petroleros agotados, disminuyó más del 20 por ciento después de su campo petrolero principal Heglig dañarse y terminó el combate con las tropas invasoras de Sudán del Sur en abril de 2012.