Es vitamina K dependiente, y, por lo tanto, su función se ve inhibida por la warfarina.
El gráfico de Ramachandran para la proteína Z indica que formará hélices alfa.
La estructura final, todo el dominio alfa, se determinó mediante difracción de rayos X.
El papel principal de la proteína Z parece ser la degradación del factor Xa .
Otros, sin embargo, lo relacionan con la tendencia al sangrado ; no hay una explicación clara para esto, ya que actúa fisiológicamente como un inhibidor y, lógicamente, la deficiencia habría llevado a una predisposición a la trombosis.