Apple ProDOS
El otro sistema operativo fue llamado ProDos 16, consiguió aprovechar la capacidad de 16-bits del Apple IIGS, pero su duración fue corta ya que se sustituyó por GS / OS en un año.Sin embargo había disponibles relojes de terceros para el Plus II, IIe y IIc.Sin embargo, la mayoría de los programas en BASIC funcionaban, aunque a veces requerían algunos pequeños cambios.Un tercer programa llamado DOS.MASTER permitía a los usuarios tener múltiples particiones virtuales de DOS 3.3 en ProDOS.Con el lanzamiento de ProDOS llegó el fin del soporte para el modelo original de Integer BASIC del Apple II, que hacía tiempo que había sido eficazmente reemplazado por Applesoft BASIC y el Apple II Plus.ProDOS 8 2.x se ejecuta en 64 KB, pero los programas de utilidades necesitan 128KB en el disco del sistema.Con el lanzamiento de la versión ProDOS 1,01 y superiores, fue añadida una comprobación para ver si el sistema operativo se estaba ejecutando en un equipo oficial fabricado por Apple.