La República estuvo oficialmente activa hasta la captura y arresto de Emilio Aguinaldo por las fuerzas estadounidenses el 23 de marzo de 1901 en Palanan, Isabela, disolviéndose efectivamente la Primera República, aunque Macario Sakay asumió la presidencia y continuó la resistencia contra Estados Unidos hasta 1907, cuando fue capturado y ejecutado.

Emilio Aguinaldo y sus hombres huyeron al norte de Luzón, tratando de resistir a las fuerzas americanas.

Aguinaldo fue capturado mediante una estratagema por la cual un batallón estadounidense simulaba rendirse.

Sakay fue también capturado mediante promesas falsas de indulto e incorporación a un supuesto futuro gobierno independiente de Filipinas.

Una vez se hubo voluntariamente entregado, fue juzgado por un tribunal militar de EE.