Temiendo el regreso de los franceses a la isla, Dessalines hizo construir fuertes.

A continuación, estas poblaciones son deportadas a las grandes ciudades de Haití, donde se las mata en lugares públicos mediante aplastamiento (con caballos o bestias de carga) y descuartizamiento.

Dessalines abandona el asedio de Santo Domingo y se retira a Haití.

En abril de 1805, Dessalines, Christophe y sus tropas arrasaron Santiago, Moca, La Vega, Azua, San Juan de la Maguana, Baní, entre otros, y masacraron a los habitantes que no habían huido a la Cordillera Central.

Al mismo tiempo, Dessalines oficializa la lengua francesa, aunque la gran mayoría de la población sólo habla criollo.

Tras el asesinato de Dessalines, el país se dividió en dos bajo la autoridad de sus antiguos generales: Henri Christophe, elegido presidente con poderes limitados, intentó imponerse, pero se enfrentó a Alexandre Pétion, que defendió la capital, Puerto Príncipe.