Predicción de acoplamiento proteína-proteína

Muchas proteínas que permanecen relativamente rígidas en la formación del complejo pueden ser acopladas actualmente con éxito.Hay métodos en desarrollo para manejar casos en los que la conformación interna de una o más partes cambia sustancialmente.Hasta las proteínas que participan en un proceso biológico bien conocido (como, por ejemplo, el ciclo de Krebs), podrían tener compañeras de interacción o funciones que no se relacionen con esos procesos.Además, y puesto que los métodos de acoplamiento pueden basarse en puros principios físicos, hasta las proteínas de función desconocida (o que hayan sido estudiadas relativamente poco) pueden ser acopladas.Sin embargo, tomar en cuenta todos los cambios conformacionales posibles es prohibitivamente costoso en tiempo computacional.