Entre sus tareas más importantes se destacan: mantener el orden público, colaborar con la obtención y mantenimiento de la paz y convivencia social; resguardar la vida, los bienes y los derechos de la población; actuar como auxiliar del Poder Judicial; ejercer las funciones de la Policía Judicial e intervenir en la prevención e investigación de delitos.

Sin embargo el grado de delincuencia, donde los maleantes buscaban los grandes yerbales llevó a que en 1856 se creara la Jefatura Militar en Misiones para la Policía y protección de los yerbales.

Debido al escaso personal, era difícil mantener el control del territorio.

Por ley, el territorio nacional quedó dividido en cinco departamentos (San Martín, Piray, San Javier, Iguazú y Monteagudo) y la policía debió distribuir el personal de acuerdo al área que abarcaba cada uno.

Según el artículo 26.º de la Ley XVIII N.º 22 (antes Ley 3389/96) y mod Ley XVIII N.º 31 del Digesto Jurídico, la policía provincial se organiza de la siguiente forma: La Policía de Misiones se organiza en forma descentralizada en lo funcional estructurándose en trece Unidades Regionales distribuidas en la Provincia, que tienen a su cargo a divisiones y secciones: Como la mayoría de policías provinciales, la de Misiones estuvo involucrada en las violaciones a los derechos humanos desatada durante la última dictadura militar.