Luego de perder su autonomía en 1827, fue parcialmente ocupado en 1834 por fuerzas paraguayas, las que fueron desalojadas por la Argentina en 1865.
En esa época el territorio de las misiones mesopotámicas había quedado casi totalmente despoblado debido a las continuas guerras; esto motivó que el gobierno nacional promoviera la repoblación con inmigrantes polacos, ucranianos (principalmente desde la Galitzia y Podlaquia) quienes refundaron Apóstoles y fundaron otros pueblos (hoy ciudades) como Azara, Oberá, Montecarlo y Wanda, etc. A estos inmigrantes se sumaron daneses y alemanes (muchos de estos procedentes de los estados del sur del Brasil).
Estos dos últimos eran llamados Pequirí-Guazú y San Antonio Guazú por el gobierno argentino desde 1881 generándose una confusión que dio lugar al litigio, al no poder determinarse cuales eran los ríos Pepirí-Guazú y San Antonio fijados como límites por tratados entre España y Portugal, los límites orientales reivindicados a fines de siglo XIX por Argentina comenzaron siendo los ya citados río Pequirí Guazú (o Chapecó) hasta sus fuentes en el cerro de Oyárbide (Morro do Capão Doce) ubicado en las coordenadas 26°42′S 51°24′O / -26.700, -51.400 y el San Antonio Guazú (o Jangada).
Ante la evidente resolución de Cleveland que dio razón a la posición brasileña, la Argentina intentó una solución intermedia como último recurso.
Hubo un retroceso en la reclamación; se buscó mantener al caudaloso Pequirí Guazú como límite aunque ya no hasta sus fuentes en el cerro más elevado sino siguiendo una línea longitudinal que corría por las cercanías de las poblaciones actualmente llamadas Quilombo y Pato Branco (Pato Blanco) hasta el río Chopim, luego la frontera correría por este caudaloso curso hasta su desembocadura en el Iguazú y desde allí volvería hacia el oeste siguiendo la vaguada del río Iguazú.