En su mayor parte, estos folículos linfoides se ubican en el íleon terminal y están formados principalmente por linfocitos B, que sintetizan inmunoglobulinas A, que a su vez van a realizar una función muy importante de inmunidad (exclusión inmunológica), opsonizando agentes patógenos que atraviesen estas paredes para que estos últimos puedan ser procesados por las células presentadoras de antígenos (CPA) y presentando a los linfocitos T, desencadenando una respuesta inmune.

Algunos de estos grupos están anatómicamente bien organizados y poseen propiedades singulares.

Entre estos agregados se incluyen las placas de Peyer en la lámina propia del intestino delgado, las amígdalas en la faringe y los folículos linfoides en la submucosa del apéndice y en toda la extensión de las vías aéreas superiores.

[cita requerida] Si el inóculo es suficientemente grande, superará la barrera gástrica que supone el pH ácido.

El organismo patógeno logra atravesar la barrera intestinal y es fagocitado en las placas de Peyer, y su protección frente a polimorfonucleares, sistema del complemento e inmunoglobulinas le permite diseminarse linfáticamente y colonizar los territorios del sistema fagocítico mononuclear.