Buyoya proclamó un programa de liberalización y prometió un gobierno que mejorase las relaciones entre los grupos étnicos hutus y tutsis, pero presidió una junta formada mayoritariamente por tutsis, en donde los principales cargos políticos y económicos del país fueron ocupados por los tutsis (quienes representaban el 14% de la población burundesa).
La situación condujo a un levantamiento hutu en agosto de 1988, en donde comunidades hutu asesinaron a civiles tutsis, por lo que el Ejército tomó fuertes represalias, que dejaron entre 20 000 y 25 000 fallecidos.
El texto constitucional preveía la constitución un gobierno con un presidente y un parlamento sin bases étnicas, y el 19 de octubre de ese año, Buyoya nombra a un Primer ministro hutu, llamado Adrien Sibomana.
El UPRONA en tanto, obtuvo 16 escaños, y Buyoya tuvo que aceptar su derrota, y el 10 de mayo de 1993, le cedió el cargo presidencial a Ndadaye, en una transición a la democracia.
La comunidad internacional impuso sanciones económicas debido al golpe de Buyoya, pero este formó un gobierno con un Vicepresidente hutu, Domitien Ndayizeye, lo que permitió aliviar el conflicto.
Tras un acuerdo, Buyoya entregó el poder en 2003, y el vicepresidente Ndayizeye le sustituyó como Presidente el 30 de abril.
Inicialmente fue ingresado en un hospital de la capital maliense, pero una semana después, al empeorar su situación, fue trasladado a París en un avión medicalizado pero no resistió el viaje.