Se implicó en diversos ámbitos y no tardó en ascender en la escala política.

Influido por la encíclica papal Rerum novarum (1891) sobre la cuestión obrera, Etter comenzó a interesarse por cuestiones sociales como la ley sobre el seguro de enfermedad y accidentes (1912) y la construcción de viviendas sociales.

[1]​ Durante la «primavera de los frentes» de 1933-1934, Etter basculó entre las distintas alas del Partido Conservador, y defendió, al igual que otros católicos conservadores y burgueses, los objetivos compartidos con los frentistas de extrema derecha para combatir el capitalismo, el liberalismo y el socialismo.

[1]​ Etter retomó el proyecto de reorganización económica y social que el Papa había esbozado vagamente en la encíclica Quadragesimo anno (1931), sin proponer soluciones concretas para hacer frente a la crisis económica de los años 30.

Resultó elegido por la Asamblea Federal en la primera vuelta con 115 votos favorables (la mayoría absoluta era de 104), imponiéndose a los candidatos Johannes Huber y Emil Mäder, ambos de San Galo, que obtuvieron 62 y 20 votos respectivamente.

[1]​ Para poner en marcha su política cultural conservadora, que en algunos momentos hizo que Suiza quedase aislada intelectualmente, se apoyó en las estructuras federalistas del país, en las asociaciones activas en los territorios, en las diferentes regiones y en las minorías lingüísticas y culturales.

En 1939 se creó Pro Helvetia, una fundación no sujeta al control gubernamental, cuyo objetivo era promover la cultura suiza, incluido el arte moderno, al margen de la administración federal.

[1]​ Durante la Segunda Guerra Mundial, Etter y el Consejo Federal practicaron una política muy cauta frente a las potencias del Eje, centrada en la soberanía nacional y el abastecimiento del país.

Justificó su postura alegando que dichas críticas podrían comprometer la labor del CICR.

En 1943, apoyó la redacción del borrador para la conferencia de comandantes sobre la «cuestión judía», que se posicionaba en contra de las tendencias antisemitas en el seno del ejército, texto que fue criticado por el General Henri Guisan, el Consejero Federal Eduard von Steiger y la Federación Patriótica Suiza.

Su renuncia abrió la puerta a que salieran elegidos dos Consejeros Federales socialistas, y con ello la vía de la denominada «fórmula mágica».

En 2008, los restos mortales del matrimonio fueron exhumados y trasladados a Menzingen, donde descansan desde entonces en una tumba familiar.