Al entrar en el ejército suizo en 1894, fue asignado a una unidad de artillería tirada por caballos en Biere como teniente.
Sin embargo, el equipo militar suizo no estaba a la par con la de la Wehrmacht alemana.
[3] Suiza declaró su neutralidad apenas empezada la Segunda Guerra Mundial, y Guisan dispuso reforzar la vigilancia en las fronteras suizas con Alemania y Francia, países ya implicados en el conflicto.
No obstante la situación suiza cambió dramáticamente al acabar la Batalla de Francia con la rendición francesa y la entrada de Italia en la guerra para apoyar a Alemania, en tanto ello significaba que todo el territorio suizo quedaba rodeado por zonas controladas por el Tercer Reich o sus aliados.
[4] Para afirmar esto Guisan contaban con que el gobierno de Suiza tenía una estructura descentralizada, por lo que incluso el Presidente Federal era un funcionario relativamente sin poder y sin autoridad para capitular ante un enemigo extranjero.