Comprende la totalidad de las islas del norte del mar Egeo excepto Samotracia que pertenece a la periferia de Macedonia Oriental y Tracia e Imbros y Tenedos que pertenecen a Turquía.

Su capital es Mitilene y está situada en la isla de Lesbos.

La prefectura del Egeo Septentrional fue establecida por la reforma administrativa de 1987.

Luego del plan Calícrates de 2010, los poderes se extendieron y ampliaron.

Previo a la reforma, la región comprendía tres prefecturas: Samos, Quíos y Lesbos.